Se incorpora un nuevo hilo argumental principal, en el que el jugador, tras ser atacado por un grupo de fanáticos, descubre la existencia de una orden de un sacerdote dragón llamado Miraak para acabar con él. En ese momento podrá optar, de forma voluntaria, por completar una serie de misiones para combatir a dicho villano, sin tener que interrumpir necesariamente los encargos ya iniciados.
